Vamos, finalmente, saber o que aconteceu a diversas personagens, a começar pelo fotógrafo Wilson Rodrigues, mas que todos conhecem como Buscapé, alguém que conhece, como poucos, as verdadeiras histórias de vida e os meandros da Cidade de Deus.

O enredo desenrola-se no início de 2000, quando a libertação de um jovem traficante da prisão coloca a Cidade de Deus, de novo, no epicentro de uma violenta disputa. Os moradores estão encurralados entre traficantes de droga, milícias armadas e autoridades públicas, mas a necessidade de escapar a este ciclo faz com que a comunidade se una para enfrentar o opressor.

Com excertos do filme como flashbacks para reconstruir as memórias dos protagonistas, as personagens do filme estão de volta juntamente com novas figuras.